Идея создания музея, который объединил бы всю историю Египта, была впервые озвучена президентом Хосни Мубараком еще в 1992 году. После этого был объявлен конкурс, ставший одним из самых масштабных в своей области: участие в нем приняли 550 архитектурных бюро из 83 стран. Победителем оказался ирландский проект Heneghan Peng Architects.
Строительство музея началось в 2005 году, однако дважды подвергалось задержкам. В 2011 году в стране произошли события "Арабской весны", после чего Мубарак ушел в отставку, и работы были приостановлены на три года. Затем в 2020 году пандемия коронавируса также затруднила реализацию проекта.
Только в конце 2022 года музей открыл свои двери для ограниченных экскурсионных групп. В октябре 2024 года были открыты 10 из 12 залов, а 1 ноября 2025 года президент Египта Абдель Фаттах ас-Сиси официально открыл Большой Египетский музей. Церемония продолжалась два дня, а уже с 4 ноября музей открыл свои двери для широкой публики.