Добраться до монастыря Зедазени можно по-разному. Из Тбилиси от станции метро "Дидубе" до Зедазени идет автобус. Но все же лучше ехать туда на своей машине. Грунтовая дорога к Зедазени начинается в городке Сагурамо. На машине можно доехать в сухую погоду, после дождей дорогу часто размывает, что усложняет подъем. Подниматься к монастырю около шести километров. Из Мцхета ехать по трассе Цицамури-Сагурамо и свернуть на улицу Зедазени.
Монастырь Зедазени расположен около Сагурамского хребта в восьми километрах к северо-западу от Мцхета на высоте около 1300 метров над уровня моря. По народному выражению, "Зедазени стоит лестницей к небосводу".
В дохристианскую эпоху на этой горе стоял идол Задени, которому приносили жертвы. Идолы были сокрушены просветительницей Грузии святой равноапостольной Ниной после Крещения Грузии.
В шестом веке преподобному Иоанну из Антиохии явилась Пресвятая Богородица и повелела идти в Иверию для проповеди и укрепления народа в вере. Преподобный отобрал 12 учеников и пешком двинулся в долгий путь.
Путники по молитве преподобного Иоанна "немокрыми ногами" перешли по Арагви. Он сам поднялся на высокую гору, там, где раньше находился идол Задени, расчистил от капищ могилу легендарного праотца грузин Картлоса, нашел небольшую пещеру, в которой подвизался и в которой прожил последующие 30 лет.
К подвижникам приходило много больных, получавших исцеление. Потом ученики Иоанна Зедазнийского разошлись по Картли и Кахети, где основывали монастыри. В Зедазени остались только преподобный Иоанн и диакон святой Илия. Место, где подвизался преподобный Иоанн, стали называть Зеда-Задени (груз. Верхний Задени).
В "Житии..." рассказывается, что святой Илия был вынужден носить воду в Зедазени из Арагви. Преподобный Иоанн испросил в молитве "подать" на горе источник воды, и вскоре так и произошло. Вода впоследствии оказалась целебной. Позже для ее сбора в пяти метрах от церкви был сооружен небольшой резервуар.
Преподобный Иоанн получил откровение о времени своей кончины и завещал святому Илие и преподобному Фаддею похоронить его в пещере на горе, там, где он совершал духовные подвиги. Однако ученики "соорудили честную раку" для мощей преподобного и погребли святого в основанном преподобным Фаддеем монастыре Нижнем Задени. Случилось землетрясение и ученики решили выполнить завещание Иоанна: "с большими почестями отнести раку на место его подвижничества и положить там его святые мощи в той же самой раке". Предположительно в конце VI - нач. VII в. на этом месте была выстроена церковь, при которой был погребен св. Илия.
Спустя несколько лет святой католикос Климент по восточную сторону от церкви воздвиг другую церковь - во имя св. Иоанна Предтечи. Она стоит и поныне, датируется VIII веком. Новая церковь занимала большую площадь, чем предыдущая, и мощи преподобного Иоанна оказались погребенными под спудом возле жертвенника.
В IX веке на территории монастыря арабами был убит священномученик Иоанн Зедазнийский. С 1479 года Зедазени и монастырь Шио Мгвиме были семейными усыпальницами владетельных феодалов Зедгенидзе и Гурамишвили. В XVII веке после нашествия иранского шаха Аббаса I (1587-1629), монастырь окончательно пришел в упадок. В конце XVII - XVIII вв. на горе Задени обосновались представители северо-кавказских племен, совершавшие набеги в долину и уводившие людей в рабство. В 1705 году сильно пострадала церковь в Зедазени.
К 1849 году Зедазени был отреставрирован, но затем вновь подвергся разрушению. Известно, что с древности в день памяти преподобного Иоанна Зедазнийского случается "дивное знамение Божие - течение воды со всего храма в небрежно устроенный бассейн, находящийся на северной стороне внутри храма, в трех саженях от гроба святого". В 1888 году экзарх Грузии Палладий назначил настоятелем Александра Окропидзе. Он реставрировал Зедазени на личные средства (11 тыс. руб.), но даже это не способствовало процветанию монастыря. Разбойники, отсутствие финансов и малое число прихожан привели к тому, что монахи покинули монастырь.
С 1929 по 1944 год Зедазени стал убежищем для святого Евфимия (Кереселидзе), который хранил здесь ценные нотные рукописи Ф. И. Коридзе, продолжая писать музыку для духовных песнопений и работать над церковным календарем. В годы Великой Отечественной войны он был единственным насельником монастыря; здесь же святой преставился и похоронен у восточной стены церкви.
Монашеская жизнь в Зедазени возродилась в начале 90-х годов XX века. Был построен церковный дом (1992-1995), отреставрированы церковь (1994-1995) и рака с мощами преподобного Иоанна Зедазнийского (1995). К 2009 году в монастыре подвизались пять насельников.
На вершине Зедазени возвышается 60-метровый крест. Он был построен под предводительством Бориса Иванова, после того, как ему, по его словам, было видение Божьей Матери, повелевшей ему начать эту грандиозную постройку. По замыслу, крест должен быть виден со всех сторон и покрывать своей тенью всю Грузию. Видения - вещь тонкая и обычно вызывает много вопросов, как у верующих, так и не верующих. Но факт, крест стоит. Стройка велась без благословения Патриарха.
О самом инициаторе известно немного, причем сведения противоречивые. Кто-то считает его Божьим человеком, кто-то, наоборот, сектантом и аферистом.
Профессор Гурам Шарадзе в своем блоге сообщает, что Борис Николаевич Иванов, гражданин РФ, родился в Ставрополье в 1939 году. Ведет бродячий образ жизни, по профессии печник. Собрал вокруг себя круг почитателей и приобрел поддержку настоятеля церкви Креста протоиерея Лаврентия Бузишвили. С 1994 года Борис Иванов и его последователи начали стройку на горе Зедазени. Иванов объявил, что является носителем Духа Святого и потому призван руководить поверившими ему людьми. Среди его последователей есть многодетные. Мужья приводят своих жен, чтобы Борис Иванов их избивал и таким образом на них сошел Дух Святой. В остальное время все они трудятся на стройке и поднимают на себе камни и прочий строительный материал. К ГПЦ они не имеют никакого отношения и не подчиняются никому, кроме Бориса Иванова. Все строительство осуществлялось на добровольные пожертвования и бесплатно.